在有机农业蓬勃发展的今天，有机农作物认证标准为生态种植提供了明确而严格的准则，确保有机农作物从种植到收获的每一个环节都符合生态、健康的要求。

在转换期方面，一年生作物如耕作作物或园艺苗木等以及草场，其转换期一般不少于 24 个月；多年生作物例如果树等的转换期则一般不少于 36 个月。在种子和种苗选择上，必须优先使用有机种子和种苗。在有机种植初始阶段，若无法获得有机生产的种子和种苗，经认证机构许可，可以使用未经禁用物质和方法处理的非有机来源种子和种苗，但申请人需制订获取有机种子与种苗的计划。同时，可采用热水、蒸气、太阳能、高锰酸钾等对种子消毒。所选作物种类及品种应适应当地环境条件，注重对病虫害的抗性和对杂草竞争的适应性，充分考虑作物的遗传多样性。

作物轮作也是重要环节，申请人和有机食品生产者必须进行合理的作物轮作。通过轮作，可以维持和改善土壤有机质含量，控制杂草和病虫害，平衡作物养分并防止土壤侵蚀。通常采用包括豆科作物、绿肥植物或深根植物在内的三种或三种以上作物进行轮作，在气候条件受限的情况下，也可采用两种作物轮作的方法。在土壤培肥上，有机农业生产体系强调通过内部有机质循环维持土壤肥力，合理施用有机肥，防止病原微生物带入。在病虫草害控制方面，从整个生态系统出发，优先采用农业防治措施，禁止使用有机合成的化学农药，有限度地使用一些符合规定的物质来控制病害、虫害和杂草，并且生产者要对这些物质的使用情况进行完整记录，以此确保有机农作物在生态、安全的环境中生长 。